เดิมโรงเรียนนี้เป็นโรงเรียนสาขาบ้านนาแก้ว (นาแก้ว๑ นาแก้วพิทยาคม) ปี พ.ศ. ๒๔๗๕ ฐานะทางเศรษฐกิจตกต่ำจึงได้ยุบโรงเรียนนี้ลงชั่วคราวต่อมาเมื่อวันที่ ๑๗ สิงหาคม ๒๔๗๕ ทางราชการได้ตั้งโรงเรียนนี้ขึ้นอีกและแต่งตั้งนายบุญทัน ไขไพวัน (นายธงชัย ไขไพวัน) มารักษาราชการแทนครูใหญ่โดยอาศัยวัดสุทธานิวาสบ้านแป้น เป็นสถานศึกษาเล่าเรียน จนถึงวันที่ ๕ กุมภาพันธ์ ๒๔๘๔ ในระหว่างที่ นายหมอก นารถโคษา ได้ดำรงตำแหน่งครูใหญ่นั้น ได้ขอความร่วมมือกับชาวบ้านสร้างอาคารเรียนเอกเทศถาวรจนแล้วเสร็จในที่ดินของโรงเรียนในปัจจุบัน และได้ขนานนามโรงเรียนใหม่นี้ว่า “โรงเรียนบ้านแป้นสามัคคีราษฎร์บำรุง” ตั้งแต่นั้นเป็นต้นมา และเปิดเป็นโรงเรียนขยายโอกาสทางการศึกษา เมื่อปีการศึกษา ๒๕๔๑
          ปัจจุบันมี นางบุษบา เคะนะอ่อน ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียน